BAN-PT berdiri pada tahun 1994, berlandaskan UU No. 2 tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional, dan PP No. 60 tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi. Sebagai satu satunya badan akreditasi yang diakui oleh pemerintah BAN-PT memiliki wewenang untuk melaksanakan sistem akreditasi pada pendidikan tinggi. Dalam wewenang ini termasuk juga melaksanakan akreditasi bagi semua institusi pendidikan tinggi (baik untuk Perguruan Tinggi Negeri (PTN), Perguruan Tinggi Swasta (PTS), Perguruan Tinggi Agama (PTA) dan Perguruan Tinggi Kedinasan (PTK); program-program pendidikan jarak jauh; dan program-program, secara kerjasama dengan insitiusi pendidikan tinggi di dalam negeri, yang ditawarkan oleh institusi pendidikan tinggi dari luar negeri (saat ini institusi pendidikan tinggi dari luar negeri tidak dapat beroperasi, secara legal, di Indonesia).

Dalam PP No. 60 tahun 1989 disebutkan bahwa BAN-PT merupakan badan yang mandiri (independen) yang diangkat dan melaporkan tugasnya pada Menteri Pendidikan Nasional.